Differences in melting temperatures of degenerated oligonucleotides targetting nitrous oxide reductase (nosZ) genes
Razlike v temperaturi taljenja začetnih oligonucleotidov za odkrivanje gena nosZ

angleški

2008

letnik 92, številka 1

mikrobiologija    molekularna biologija    taljenje    temperatura    oligonucleotidi   toplogredni plini 

Univerza v Ljubljani, Biotehniška fakulteta
(Obvezni izvod spletne publikacije)

Eden osnovnih principov molekularne biologije je uporaba oligonukleotidov s primerljivimi temperaturami taljenja (Tm). Da bi lahko z oligonukleotidi zajeli tudi evolucijske spremembe na tarčnih sekvencah istega gena znotraj kompleksnih mikrobnih združb, so se raziskovalci zatekli k uporabi degeneriranih oligonukleotidov. Nedavne študije predlagajo vključitev za mikrobe relevantnih parametrov, ki vplivajo na njihovo aktivnost, v modele, ki se trenutno uporabljajo za opis emisij toplogrednih plinov v javnosti. V bližnji prihodnosti pa se predvideva tudi vključitev podatkov o strukturi mikrobnih zdrub in velikosti njihovih populacij. Ker je eden najmočnejših toplogrednih plinov, N2O, rezultat v največji meri nepopolnega poteka denitrifikacije, sva izbrala gen za reduktazo N2O (nosZ) kot model ter iz objavljene literature sestavila nabor uporabljanih oligonukleotidnih parov. Za vsako varianto degeneriranega oligonukleotida v paru sva izračunala predvideno Tm in primerjala povprečne Tm obeh oligonukleotidov v paru. Tm variant degeneriranih oligonukleotidov so se razlikovale do 13 °C. Več kot 85 % oligonukleotidov je imelo povprečno razliko Tm para > 2 °C, več kot 60 % > 4°C in več kot 40 % oligonukleotidov je imelo Tm večjo od 6 °C. Z uporabo takih kombinacij pri eni temperaturi prileganja ali ,,PCR z zniževanjem temperature'' ali hibridizacijskih protokolih, je praktično nemogoče zagotoviti polno uporabo vseh degeneriranih variant. Našteto posledično različno vpliva na potek kemijskih reakcij prepoynave tarčnih mest. Da bi izboljšali konsistentnost molekularnih rezultatov, priporočava uskladitev povprečnih Tm para oligonukleotidov. Podobno pa je potrebno kritično oceniti druge metodološke šibke točke, da bi zagotovili uporabno vrednost rezultatov molekularnih tehnik kot bodočih parametrov v modelih.

07.12.2010