High resolution melting curve analysis for high-throughput SNP genotyping in IL23R gene and association of IL23R with Slovenian inflammatory bowel diseases patients

angleški

2010

letnik 57, številka 2

črevesne bolezni   genotip   mutacije   polimorfizem

Slovensko kemijsko društvo
(Obvezni izvod spletne publikacije)

Analiza polimorfizmov posameznega nukleotida (ang. SNP za single nucleotide polymorphism) in mutacij je ključnega pomena pri ugotavljanju genetskih dejavnikov tveganja za nastanka kompleksnih bolezni in genetsko pogojenega odziva posameznikov na zdravila (farmakogenetika). Razvoj nove generacije fluorescentnih označevalcev (LCGreen), ki se z večjo afiniteto vežejo na dvojno vijačnico DNK, je omogočil razvoj nove metode za hitro in cenovno ugodno analizo polimorfizmov SNP in mutacij na osnovi analize talilne krivulje visoke ločljivosti (ang. HRM za Highresolution melting). Namen naše študije je bil razvoj metode HRM za gensko tipizacijo polimorfizma rs7517847 v genu IL23R in izvedba asociacijske študije za omenjeni polimorfizem pri slovenskih bolnikih s kronično vnetno črevesno boleznijo (KVČB). V asociacijski študiji smo z uporabo standardne metode PCR-RFLP in optimizirane metode PCRHRM določili genotipe za polimorfizem gena IL23R (rs7517847) za 345 zdravih posameznikov in za 295 bolnikov s KVČB, med katerimi je bilo 159 bolnikov s Crohnovo boleznijo (CB) in 136 bolnikov z ulceroznim kolitisom (UK). Ugotovili smo, da je HRM enostavna, hitra in zanesljiva metoda za določanje genotipov v kliničnih vzorcih. Razlike med skupinama homozigotov (GG in TT) smo ugotavljali z algoritmom "Tm calling", heterozigote in homozigote pa smo razlikovali na osnovi različnih oblik talilnih krivulj z algoritmom "gene scanning". S kombinacijo obeh algoritmov za analizo HRM podatkov smo določili genotipe za 640 vzorcev in ugotovili 98,6% skladnost z genotipi, ki so bili določeni z referenčno RFLP metoda na istih vzorcih. V asociacijski študiji smo s primerjavo alelnih in genotipskih frekvenc med zdravimi posamezniki in bolniki s CB odkrili statistično značilno povezavo med polimorfizmom gena IL23R in skupino bolnikov s CB. Pri zdravih posameznikih je bila alelna frekvenca alela G 0,46, pri bolnikih s CB pa 0,33 (p < 0,001, OR = 0,588). Frekvenca posameznikov z genotipom T/T je bila pri bolnikih s CB (50,3%) višja kot pri skupini zdravih posameznikov (26,7%, p = 0,002, OR = 2,558). Odkrili smo tudi šibko povezavo med polimorfizmom gena IL23R in bolniki z UC, kjer so imeli nosilci genotipa T/T višje tveganje za UC (p = 0,035, OR = 1,599). Ti rezultati kažejo, da igra gen IL23R pomembno vlogo v patogenezi pri slovenskih bolnikih s CB in UC.

21.11.2011