862 KB56 KB201920252025Dolžan, VitaJanžič, UrškaJenko Bizjan, BarbaraKovač, JernejMuha, Teja Petraštevilka:7str. 60-73COBISSID_HOST:256873219ISSN:2670-4463URN:URN:NBN:SI:doc-IKMY0Z9NslSlovensko združenje za klinično kemijo in laboratorijsko medicinoLaboratorijska medicinabioinformatska orodjafarmakogenetikafarmakogenomikakompleksni farmakogenisekvenciranje naslednje generacijeUporaba tehnologij sekvenciranja v farmakogenomiki| Next-generation sequencing in pharmacogenomics|Genetic variability in pharmacogenes, i.e. genes that affect absorption, distribution, metabolism, action and excretion of drugs, can significantly affect an individual’s response to a drug and, consequently, the effectiveness of treatment and the occurrence of adverse drug reactions. Despite the increasing number of evidence-based pharmacogenetic recommendations, pharmacogenetic testing is being only slowly introduced into clinical practice. One of the reasons is the limitation of the methods for determining pharmacogenetic variations. In clinical practice, targeted pharmacogenetic testing is most often performed, focusing only on a limited number of genetic variants and a few of the most frequently tested pharmacogenes. In recent years, research has focused on studying data obtained from whole exome or genome sequencing, which allows testing multiple variants simultaneously in a relatively short time and resolving complex pharmacophenotypes. A complex pharmacophenotype is defined by the presence of multiple pharmacogenetic variants and/or rare variants affecting drug metabolism or treatment response. Sequencing based methods enable identification of rare variants as well as large structural variants. The purpose of the paper is to present the advantages and disadvantages of targeted genotyping methods, whole exome and genome sequencing methods, and to highlight the importance of developing appropriate bioinformatics tools for efficient pharmacogenetic analysis, which would accelerate the translation of scientific findings into clinical practiceGenetska variabilnost v farmakogenih, to je genih, ki vplivajo na absorpcijo, porazdelitev, presnovo, učinkovanje in izločanje zdravil, lahko pomembno vpliva na posameznikov odziv na zdravilo ter posledično na učinkovitost zdravljenja in pojav neželenih učinkov zdravila. Kljub vedno večjemu številu na dokazih temelječih farmakogenetskih priporočil se farmakogenetsko testiranje le počasi uvaja v klinično prakso. Eden izmed razlogov so omejitve pri določanju farmakogenetskih različic. V klinični praksi se za njihovo določanje najpogosteje izvaja tarčno farmakogenetsko testiranje, osredotočeno le na določeno število genetskih različic in na le nekatere, najpogosteje preverjene farmakogene. V zadnjih letih se raziskave usmerjajo v preučevanje podatkov, pridobljenih s sekvenciranjem celotnega eksoma ali genoma, ki omogočajo testiranje več različic hkrati v relativno kratkem času in opredelitev kompleksnih farmakofenotipov. Kompleksni farmakofenotip lahko opredeljuje prisotnost več farmakogenetskih različic in/ali redkih različic, ki vplivajo na presnovo zdravil ali odgovor na zdravljenje. Metode, ki temeljijo na sekvenciranju, omogočajo identifikacijo redkih različic, pa tudi večjih strukturnih različic. Namen prispevka je predstaviti prednosti in pomanjkljivosti tarčnih metod genotipizacije, metod sekvenciranja celotnega eksoma in genoma ter poudariti pomen razvoja ustreznih bioinformatskih orodij za učinkovito farmakogenetsko analizo, ki bi pospešila prenos znanstvenih izsledkov v klinično praksoTEXTznanstveno časopisjejournalsSlovenian National E-content AggregatorNational and University Library of Slovenia