The search for conjugative transposon in rumen bacterium Prevotella bryantii Bsub1 4
Iskanje konjugativnega transpozona v vampni bakteriji Prevotella bryantii Bspodaj1 4

angleški

2009

letnik 94, številka 2

mikrobiologija    bakterije    vamp    molekularna genetika   konjugativni transpozon

Univerza v Ljubljani, Biotehniška fakulteta
(Obvezni izvod spletne publikacije)

Ker sevi rodu Prevotella iz vampa le izjemoma posedujejo plazmide in je opisanih le nekaj bakteriofagov, je zelo verjetno, da izmenjava genov pri teh organizmih vključuje druge poti. Veliki konjugativni transpozoni omogočajo prenos genov pri rodu Bacteroides, filogenetskih sorodnikih vampnih prevotel. Dostop do delno ali v celoti sekvenciranih genomov predstavnikov Bacteroides in Prevotella je omogočil iskanje ohranjenih regij znotraj domnevnih konjugativnih transpozonov. S poravnavo več sekvenc znanih ali domnevnih genov konjugativnih transpozonov iz vrst Bacteroides thetaiotaomicron, Prevotella intermedia, Bacteroides fragilis in rodu Tanerella smo določili delno ohranjene regije v najbolj ohranjenem genu konjugativne transpozicije, traG, in jih uporabili za izdelavo primernih začetnih oligonukleotidov za pomnoevanje dela gena pri vampnih sevih iz rodu Prevotella. Analiza sekvenc subkloniranih pomnokov je pri P. bryantii B14 razkrila prisotnost hipotetičnega gena, podobnega odprtemu čitalnemu okvirju BF2880 seva B. fragilis YCH46, ki je del velikega konjugativnega transpozona. Z inverzno verižno reakcijo s polimerazo smo potrdili prvotne ugotovitve. Izdelali smo delno mapo regije domnevnega konjugativnega transpozona pri P. bryantii B14, ki nakazuje, da je prišlo do med rodovnega horizontalnega prenosa genov.

07.12.2010