The influence of storage conditions and DNA extraction protocol on the results of molecular analysis of the European spruce bark beetle (Ips typographus L.) - Devetak, Zina (Acta silvae et ligni, 2023)
Za uspeh molekularne identifikacije podlubnikov je ključna zadostna količina kakovostnega ekstrakta DNA. Pri raziskavi vrste smo se osredotočili na vpliv različnih postopkov shranjevanja osebkov Ips typographus(L.) in različnih protokolov ekstrakcije DNA na količino in kakovost DNA, namenjene za uporabo v molekularni diagnostiki. Odrasle hrošče smo zamrznili pri -20 °C na dva načina, v etanolu in na suho. Ekstrakcije smo opravili po štirih različnih postopkih. Primerjali smo količino pridobljene DNA. Kakovost ekstrahirane DNA smo ocenili s polimerazno verižno reakcijo in sekvenciranjem po Sangerju. Način shranjevanja ni statistično značilno vplival na količino pridobljene DNA. DNA višje kakovosti smo pridobili iz hroščev, ki so bili zamrznjeni v etanolu. Le dva postopka ekstrakcije DNA sta dala DNA, uporabno za sekvenciranje. V količini pridobljene DNA se pri sekvenciranju uspešna postopka nista pomembno razlikovala. Določili smo optimalno kombinacijo postopkov shranjevanja v etanolu pri -20 °C in ekstrakcije celokupne DNA z ekstrakcijskim kitom Nucleospin Insect DNA proizvajalca Macherey Nagel, ki omogoča časovno učinkovito identifikacijo.
Keywords: early detection; ekstrakcijski postopek; molecular diagnostics; molekularna diagnostika; PCR; polimerazna verižna reakcija; polymerase chain reaction; Sanger sequencing; sekvenciranje po Sangerju; shranjevanje osebkov; specimen storage; total DNA extraction; zgodnje zaznavanje