Development and characterisation of functional markers for genetic studies of olive (Olea europaea L.) : doctoral dissertation : doktorska disertacija
Razvoj in karakterizacija funkcijskih markerjev za genetske študije oljke (Olea europaea L.) : doctoral dissertation : doktorska disertacija

slovenski

doktorska dela

2017

Oljka    Genetika    Disertacije   molekularni markerji   genetski označevalci   mikrosatelitski markerji   anotacija   mikrosateliti   nukleotidno zaporedje   genetska raznolikost    genom    genotipizacija

Univerza v Ljubljani, Biotehniška fakulteta

Razvili smo nov set genskih mikrosatelitskih markerjev za genetske študije oljke (Olea europaea L.). Za identifikacijo mikrosatelitov smo pregledali 98.924 zaporedij EST razvijajočega plodu oljke. V 923 zaporedjih EST, ki so vsebovala mikrosatelite, smo odkrili skupno 984 mikrosatelitov, med katerimi so prevladovali dinukleotidi in sledili so jim trinukleotidi. Med dinukleotidi je prevladoval mikrosatelitski motiv GA in med trinukleotidi motiv GAA. Za izdelavo začetnih oligonukleotidov smo izbrali 110 anotiranih zaporedij EST-SSR, izmed katerih je bilo 46 polimorfnih. S sekvenčno reakcijo in poravnavo alelov EST-SSR oljke smo potrdili pomnoževanje predvidenih mikrosatelitskih motivov in odkrili visoko stopnjo ohranjenosti robnih območij analiziranih mikrosatelitskih lokusov. Sposobnost genskih markerjev SSR za odkrivanje genetske raznolikosti je primerljiva s predhodno razvitimi genomskimi mikrosateliti. Povprečno število alelov na lokus je bilo 4,5, vrednosti dejanske in pričakovane heterozigotnosti ter informacijska vrednost polimorfizma pa so znašale 0,649, 0,604 in 0,539. Na podlagi rezultatov genotipizacije z markerji EST-SSR oz. SSR in na osnovi Jaccardovih koeficientov podobnosti se je jasno razlikovalo vseh 24 oljčnih sort. Genetska raznolikost znotraj sort "Ascolana tenera" in "Santa Caterina" se je jasno pokazala le z genomskimi mikrosateliti. Za analizo starševstva smo uporabili 7 visoko polimorfnih markerjev EST-SSR. Izvedba starševskega testa s tremi različnimi računalniškimi programi (FAMOZ, CERVUS, PARENTE) je pokazala, da je "Istrska belica" navzkrižno kompatibilna z različnimi oljčnimi sortami. Vrednosti indeksa samonekompatibilnosti med 0,2 in 1,0 so "Istrsko belico" uvrstile med delno samonekompatibilne sorte.

24.07.2017